JT65, opracowany i wydany pod koniec 2003 r. przeznaczony jest do odbioru bardzo słabych oraz wolno zmieniających się sygnałów odbijanych np. w troposferze lub na linii Ziemia-Księżyc-Ziemia (EME). Może dekodować sygnały o wiele decybeli poniżej poziomu szumu w paśmie o szerokości 2500 Hz (SNR w paśmie 2500 Hz jest o około 28 dB niższy od SNR w paśmie 4 Hz, który jest zbliżony do szerokości pasma dla pojedynczego tonu JT65), i często pozwala amatorom na skuteczne wymianę informacji kontaktowych bez słyszalnych sygnałów. Podobnie jak w innych emisjach, stosuje się kluczowanie wielokrotnego przesuwania częstotliwości. W przeciwieństwie do innych trybów, wiadomości są przesyłane jako jednostki atomowe po skompresowaniu, a następnie zakodowane w procesie zwanym korektą błędów (lub „FEC”). FEC dodaje nadmiarowość do danych, dzięki czemu można pomyślnie odzyskać całą wiadomość, nawet jeśli wystąpią przerwy w odbiorze transmisji. (Szczególnym kodem stosowanym w JT65 jest Reed-Solomon.) Z powodu tego procesu FEC komunikaty są albo poprawnie dekodowane, albo wcale nie dekodowane, z bardzo dużym prawdopodobieństwem. Po zakodowaniu wiadomości są one przesyłane za pomocą MFSK z 65 tonami.
Operatorzy zaczęli również używać trybu JT65 do kontaktów na pasmach HF, często używając QRP (nadajnika o małej mocy), podczas gdy tryb nie był pierwotnie przeznaczony do takiego użytku, to popularność programu spowodowała dodanie kilku nowych funkcji WSJT-X w celu ułatwienia pracy na falach krótkich.
